理研、新スーパーコンピュータシステムが稼働 〜 富士通PCサーバ1,024台で実行性能日本1位を達成 | RBB TODAY

理研、新スーパーコンピュータシステムが稼働 〜 富士通PCサーバ1,024台で実行性能日本1位を達成

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富士通による理研の超並列PCクラスタ
  • 富士通による理研の超並列PCクラスタ
 富士通は7日、理化学研究所(理研)の新スーパーコンピュータシステムの構築を完了、同システムが稼働開始したことを発表した。

 新システム「RICC」(RIKEN Integrated Cluster of Clusters)は、3つの異なる用途の計算サーバシステム(超並列PCクラスタ、大容量メモリ計算機、多目的PCクラスタ)と共通のフロントエンドシステム、磁気ディスク装置、テープ装置によって構成される複合システム。超並列PCクラスタには、富士通のPCサーバ「PRIMERGY RX200 S5」1,024台(2,048CPU、8,192コア)が採用されている。また、システム環境には、システム管理機能、高速ファイルシステム、プログラミング開発環境を統合した当社のHPCミドルウェア「Parallelnavi(パラレルナビ)」に加えて、大規模並列ジョブを複数のクラスタ全体で統合的に管理できるHPCジョブ管理ツール「メタジョブスケジューラ」が採用されている。

 同システムで実施したLINPACK(リンパック)ベンチマークによる性能測定では、97.94テラフロップス(TFLOPS)の実行性能が達成された。この結果は、最新のTOP500リスト(2009年6月発表)と比較した場合、世界34位、PCクラスタシステムの実行性能としては日本1位となるという。この測定結果は、富士通の高性能ハードウェアと、HPCミドルウェア「Parallelnavi」およびプログラムチューニングなどのシステム構築技術が結びつくことにより実現。特に「Parallelnavi」に含まれる数学ライブラリはLINPACKの処理性能を大きく左右するもので、今回の測定結果においても大きく貢献したとのこと。この数学ライブラリは富士通研究所の研究成果を基にしたもので、世界で最高レベルの性能を実現した。「メタジョブスケジューラ」はマルチレイヤー・スケジューリング機能、フェアシェア機能、バックフィル機能などに対応している。

 理化学研究所 情報基盤センター長 姫野 龍太郎氏は「前システムでその革新性を高く評価されたRSCCをさらに発展させ、今回RICCとして導入、運用を開始します。このシステムは理研の研究者に、1. 次世代スーパーコンピュータで性能を発揮するプログラム開発のプラットフォームとして必要な、数千以上の並列を日常的に試すことができること、2. 次世代DNAシーケンサーや、加速器、X-FEL(X線自由電子レーザー)など、最先端の研究実験で必要となる大量の実験データ処理、3. MDGRAPE-3やGPGPUなどのアクセラレーターを使ったあらたな計算ソフトウェアの開発に使ってもらうこと、を狙っています。今回インテルXeonプロセッサー5500番台を、大型クラスタとして日本で最初に導入、運用に供できました。その性能の良さに驚くとともに、導入のスムーズさで富士通には感謝しています。」とのコメントを寄せている。
《冨岡晶》

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