同作は、殺生丸と犬夜叉の娘達をメインキャラクターとした新しい物語で、アニメーション制作は、アニメ犬夜叉シリーズに引き続き、サンライズが担当。監督は佐藤照雄（『犬夜叉 完結編』副監督を担当）、シリーズ構成を隅沢克之（今作は隅沢のオリジナルストーリーで構成）、メインキャラクターデザインを高橋留美子、アニメーションキャラクターデザインを菱沼義仁、音楽を和田薫が務めるなど、アニメ犬夜叉シリーズを手掛けたスタッフが再集結した。
主人公は、とわ、せつな、もろは。妖怪と人間の血を引く半妖の少女たちだ。幼い頃、森の火事に巻き込まれ、離ればなれになった双子の少女、とわとせつな。とわは、時代樹の時空を越えるトンネルをくぐり抜け、戦国時代から現代へとタイムスリップ。かごめゆかりの日暮家の娘として育てられ、武道に長けた女子中学生に成長した。一方、戦国時代に残された妹のせつなは、妖怪退治屋のお頭となった琥珀の下で妖怪退治を生業にしていた。もろはは、かごめと犬夜叉の娘。賞金稼ぎとして「化け殺しのもろは」の異名を取り、やはり妖怪退治に明け暮れている。
とわとせつなが離れ離れになってから、10年。時代樹の時空を越えるトンネルが再び開かれた。現代に現れたせつなと再会するとわだったが、せつなは何故かとわのことを忘れてしまっていた。せつなと共に、現代にやって来たもろはも加わり、とわたち「半妖の夜叉姫」が、現代を、そして戦国時代を、縦横無尽に暴れ回る。
今回の決定について、高橋留美子は「3人のヒロインそれぞれ、とても魅力的に仕上がっています。彼女達がどんな冒険の旅をするのか私も楽しみにしています」とコメント。なお、テレビアニメ制作決定を記念して、5月13日発売の『週刊少年サンデー』24号に今作『半妖の夜叉姫』の描き下ろしティザービジュアルのポスターが付く。
