同誌は、10月号に掲載された特別企画「そんなにおかしいか『杉田水脈』論文」の内容に各方面から批判が集中。9月21日には、同社の代表取締役社長である佐藤隆信氏の名義で、「あまりに常識を逸脱した偏見と認識不足に満ちた表現」があったことを認めるなど、波紋を呼んでいた。
今回の問題について、新潮社は「部数低迷に直面し、試行錯誤の過程において編集上の無理が生じ、企画の厳密な吟味や十分な原稿チェックがおろそかになっていた」と説明。「会社として十分な編集体制を整備しないまま『新潮45』の刊行を続けてきたことに対して、深い反省の思いを込めて、このたび休刊を決断しました」と伝えている。また、読者に対しては、「感謝の気持ちと、申し訳ないという思いしかありません」としている。
なお、休刊の期間などについては触れられておらず、「今後は社内の編集体制をいま一度見直し、信頼に値する出版活動をしていく所存です」と伝えている。