日立、国立遺伝学研究所のスパコンを構築……DNAのビッグデータ解析を加速 | RBB TODAY

日立、国立遺伝学研究所のスパコンを構築……DNAのビッグデータ解析を加速

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スーパーコンピュータシステムの概要
  • スーパーコンピュータシステムの概要
  • ラック型空調機のモデル図
 日立製作所は24日、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所(遺伝研)が、「国際DNAデータベース構築事業」を行うためのスーパーコンピュータシステムを構築したことを発表した。

 遺伝研は、米国立生物工学情報センター(NCBI)により運営されている「GenBank」、欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)により運営される「EMBL-Bank」との密接な連携のもと、“国際塩基配列データベース”を構築している。国際塩基配列データベースは目的や国籍にかかわらず閲覧転用できる共有財産となっている。

 今回のシステムでは、米国・欧州の研究機関などと連携した国際塩基配列データベースの構築と、世界中の研究者に対する公開、研究者が「新型DNAシーケンサー」出力情報などのビッグデータ解析を加速するためのITリソースの提供を遺伝研が行う。

 「新型DNAシーケンサー」は、化学処理したDNAサンプルに対してさまざまな分析処理を行うことで、DNAの塩基配列を自動的に読み取る装置。国際塩基配列データベースが扱うデータ量は近年爆発的に増加しており、最新の新型DNAシーケンサーでは、断片配列データと呼ばれるDNAの配列を解析単位に断片化したデータが、一回の計測で約60億個(約1.8TB)も生成されるという。

 今回導入されたスーパーコンピュータシステムでは、ビッグデータの高速処理を実現するために必要とされる、超高速アクセスが可能なファイルシステムを実装。1つのデータを複数のボリュームに分散配置し、並列アクセスを可能とした。また、世界トップレベルの省エネルギー性能を有するラック型空調機を採用。一般的な壁設置型空調機における床下空調方式と比べ、熱だまりが起こりにくく、空調余裕率を抑えることが可能で、新システムではPUE1.2前後を実現している。
《冨岡晶》

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