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鳥羽水族館で飼育され、5年と43日の長期間絶食をを続けていた深海生物、ダイオウグソクムシの「NO. 1」の死亡が14日、確認された。ニコニコ生放送では18日に追悼番組を配信する。
サボテンパークアンドリゾート（静岡県伊東市）が運営する伊豆シャボテン公園と、バイオパーク（長崎県西海市）が運営する長崎バイオパークは、1月26日および2月16日に、「カピバラの露天風呂協定」調印を行なう。
京都府立植物園（京都市左京区下鴨半木町）は、12月15日から24日まで観覧温室の夜間開室とイルミネーションを実施する。
NECソフト、農業・食品産業技術総合研究機構 花き研究所、インプランタイノベーションズ、奈良先端科学技術大学院大学（NAIST）の4者は5日、新規蛍光タンパク質を組み込んだ、光る「トレニア・フルニエリ」の共同開発に成功したことを発表した。
トリップアドバイザーが8月27日に発表した「行ってよかった動物園＆水族館ランキング2013」によると、動物園の1位は「アドベンチャーワールド」（和歌山県）、水族館の1位は「沖縄美ら海水族館」（沖縄県）が選ばれた。
スマートフォンをかざして動物の映像や骨の3Dなどを見ることができる「旭山動物園ARどうぶつ図鑑」が8月3日、東京書籍から出版された。「行動展示」で人気を集める旭山動物園の動物たちの姿が、動画でも見られる新しいタイプの「動物図鑑」として話題を呼んでいる。
夏休みも中盤に差し掛かってきた。Yahoo! JAPANの検索数ランキングによると、動物園の1位は和歌山県にある「アドベンチャーワールド」、水族館の1位は「横浜・八景島シーパラダイス」がランクインした。
旭山動物園は、8月11日から15日の5日間、通常17時15分までの開園時間を21時まで（入園は20時まで）延長する、夏の恒例イベント「夜の動物園」を開催する。
大型商業施設「ラゾーナ川崎プラザ」は夏休み期間を通じて子どもが楽しめるさまざまなイベントを開催する。8月3日には、横浜・八景島シーパラダイスからサメやペンギンが訪れ、ラゾーナの施設館内で動物と触れ合うことができるイベントが実施される。
よこはま動物園ズーラシアは、「ナイトズーラシア2013」を開催。今年も開園時間を延長して夜の動物園を特別公開する。開催日は8月3日から9月1日までの毎週土日と8月16日で、時間を20：30まで延長する。
長期間エサを食べないことで知られる深海生物・ダイオウグソクムシの様子を82時間にわたって生中継するという番組がニコニコ生放送で30日より放送される。
鴨川シーワールド（千葉県鴨川市）は、夏休み期間中の7月20日から8月31日まで、夜の水族館を飼育係員の案内で探検する「ナイトアドベンチャー」を開催する。
鴨川シーワールド（千葉県鴨川市）は、夏休み期間中の8月6日・7日・21日・22日の4日間、小学校5・6年生を対象とした職業体験イベント「ジュニアトレーナー」を開催する。参加費は8,000円で要申込み。
第一ゼミナールの科学実験専門教室「サイエンティストスクール」では、小学3-6年生を対象に「須磨海浜水族園・海のいきもの調査研究会」を開催する。調査研究のほか、漁師体験や夜の水族園探検ツアーなど2日間にわたる宿泊イベントとなっている。
鳥羽水族館で展示されていたダイオウグソクムシの“NO.9”が死亡したことがわかった。3日に同館の公式twitterが発表した。
名古屋市の東山動植物園では、夏休み期間の7月20日から27日まで、小学生を対象とした「サマースクール」を開催する。今回で第48回となる
11月19日に創立25周年を迎える夢の島熱帯植物館は、熱帯の生き物について楽しみながら学ぶ「熱帯の生き物展」を夏休み期間中に開催する。3つのコースを設け、熱帯や植物・自然に対し、人とのつながりを学ぶことができる。
海遊館は、小学生以上を対象とした春の特別講座「こんな水族館あったらいいな」を5月25日、26日、6月1日、2日の計4回開催、参加者を募集している。水族館の心臓部といわれる通常非公開の機械室の見学などが企画されている。
上野動物園、多摩動物公園、葛西臨海水族園、井の頭自然文化園の4園が合同で、「ドリームナイト・アット・ザ・ズー＆アクアリウム in Tokyo」を6月8日（土）に開催する。障害をもつ子どもたちとその家族を対象としたイベントで、5月17日（金）まで参加者を募集している。
東京都立多摩動物公園、井の頭自然文化園、葛西臨海水族園は、ゴールデンウィークを中心とした期間に、講演会やイベントを開催する。講演会への参加は応募が必要。講演会・イベントともに参加はすべて無料だが、入園料は別途必要。
国立科学博物館は、4月21日（日）に年1度の特別公開として、筑波地区にある研究施設と筑波実験植物園を一般公開する企画「科博オープンラボ2013」を開催する。当日は、入園料・参加費ともに無料で、事前申し込みは不要。
インテックと魚津水族館が、スマートフォン向けAR（拡張現実）アプリ『魚津水族館ARおさかな図鑑』をリリースした。ダウンロードは無料。
まもなく6年ぶりに来日するオスカー女優、マリオン・コティアールの主演作『君と歩く世界』と、品川駅から徒歩2分のエキマエ水族館「エプソン 品川アクアスタジアム」とのタイアップが決定。映画と水族館が一度に楽しめる特別セット券が発売されることとなった。
上野動物園をはじめとする都立動物園・水族園が春休み期間中に、子どもだけでなく大人も楽しめるイベントを開催する。
